Pelatihan Molekular

DNA IN LABORATORY

BY INDHINA REIHANNISA

Apa itu DNA?

DNA adalah materi genetik yang berisi sekuens nukleotida tersusun dari 4 basa nitrogen yaitu adenin, sitosin, guanin, dan timin.

Bagaimana prinsip isolasi DNA?

 

Bagaimana prosesnya?

Isolasi DNA pada tumbuhan

 Isolasi DNA pada bakteri

 Isolasi DNA pada darah

 Penentuan kemurnian DNA

 Apa itu PCR? 

PCR (Polymerase chain reaction) adalah suatu teknik dalam biologi molekuler untuk amplifikasi DNA tunggal atau beberapa potongan DNA selektif menjadi ribuan bahkan jutaan salinan urutan DNA tertentu. Salah satu contoh alatny adalah: Thermal cycle.

 Bagaimana prinsip & siklus dari PCR?

1. Initialization. Proses yang memfasilitasi lisisnya sel, sehingga aktivasi DNA Polimerase dan denaturasi kontaminan-kontaminan terjadi. Proses ini dilakukan pada suhu 94-96 (ºC) dalam waktu 2-10 menit 

2. Denaturation. Yaitu proses pemisahan 2 untai pilinan ganda DNA dengan terlepasnya ikatan hidrogen yang menyatukan kedua pilinan tersebut. Proses ini dilakukan pada suhu 94-98 (ºC) dalam waktu 20-30 detik 

3. Annealing. Yaitu dimana primer forward dan reverse akan menempel pada bagian DNA templat ynag komplementer.. Proses ini terjadi pada suhu 50 – 65 (ºC) dalam waktu 20-40 detik. 

4. Elongation. Setelah primer menempel, DNA polimerase mulai menggabungkan dNTPs untuk mensintesis strain DNA baru. Suhu dari proses ini tergantung dari jenis SNA polimerase yang digunakan. Apabila menggunakan Taq polimerase biasanya dilakukan pada suhu 72-78 (ºC) dan waktu 1 menit tiap 1-1.5 kb. 

Siklus denaturasi hingga elongasi kemudian berulang 20 – 40 kal.

 

 Apa itu Elektroforesis?

Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul bermuatan melalui medium  larutan  atau  gel  dalam  pengaruh  medan  listrik.  Molekul  yang bermuatan  jika  diletakkan  di  medan  listrik  maka  molekul  tersebut  akan bergerak   ke  medan   elektroda   yang  berlawanan,   molekul   asam   nukleat bermuatan negatif sehingga akan bergerak menuju ke kutub positif.

 Gel agarosa

Pada teknik elektroforesis, gel agarosa digunakan untuk memisahkan asam nukleat yang lebih besar dari beberapa ratus pasangan basa, mengurangi konsentrasi agarosa untuk pemisahan fragmen besar dan meningkatkannya untuk fragmen kecil. 

Agarosa memiliki pori-pori yang relative besar sehingga cocok untuk pemisahan molekul yang berukuran besar yaitu DNA (50-20.000bp). Gel agarosa dibuat melalui ekstraksi alga merah, yaitu Gelidium, sehingga gel tersebut tidak bersifat toksin. Gel agarosa digunakan dalam posisi horizontal.